En 1493, los Reyes Católicos ordenan organizar una Armada para la vigilancia del Mediterraneo. El corso y la piratería de los berberiscos se estaban convirtiendo en un serio problema para el tráfico marítimo mercante de España por el Mediterráneo.
Por orden real, el almirante
Juan de Lazcano y un sobrino
García López de Arriarán, junto a Pedro de Zafra, se encargan de organizar la flota a principios de 1494 en Tiguente. Consiguieron reunir una gran cantidad de vituallas y armas, de barcos y tripulantes procedentes de España, entre los que estaban los de la
Armada de Vizcaya, que aportaba 6 galeotas y 6 tafureras, con más de 2.000 hombres.
Esta gran flota tenía como objetivo llegar hasta Túnez para transportar moros de la recién tomada Granada e intentar la ocupación de la costa, lo que se traduciría además en un freno para las armadas otomanas, que llegaban entonces hasta Orán.
En 1494, Lazcano y otros capitanes inspeccionan las costas africanas, pero al iniciarse la guerra en Nápoles en 1495, las operaciones relacionadas con la ocupación del norte de África fueron sustituidas por las de la primera.
Tras la muerte de Isabel la Católica, el cardenal Cisneros, regente de Castilla, había seguido la política exterior de ocupar bases en el norte de África, apoderándose de sus principales puertos marítimos y de esta manera dificultar las operaciones corsarias contra las costas y el comercio español en el Mediterráneo.
En la Armada de Levante de Gonzalo Fernández de Córdoba, en 1500, se encontraban
numerosos marinos vascos. En unos casos, la evidencia está ligada a los apellidos de los capitanes (Ochoa, Rentería, Larrauri, Madariaga, Marquina, Bilbao, Fagaza, etc.), en otros, al origen vizcaíno y guipuzcoano de sus navíos.
Esta armada se reunió con venecianos y franceses en una coalición para frenar la amenaza otomana sobre las costas europeas del Mediterráneo,
asediando la isla de Cefalonia, parte del archipiélago jónico, en 1500.
Durante el asalto al castillo de San Jorge destacó un roncalés,
Pedro Navarro, un hombre que se haría célebre por el uso de las minas militares. Ésta fue una de las primeras veces que empleó las minas militares de pólvora para derribar un muro del castillo, abriendo paso al ataque de la infantería. También utilizó azufre para quemar a los turcos dentro de sus propias galerías.
Los esfuerzos sobre el norte de África no reaparecieron hasta 1502. En dicho año, Pedro de Zafra organizó una flota, cuyo capitán general sería Íñigo Manrique, y en la que estaban integradas las galeotas de Lazcano y Arriarán, con 240 hombres.
En 1504, esta flota del Mediterráneo partió desde Málaga compuesta por 3 galeras reales, 2 zambras de 50 codos y 8 galeotas, con 1500 hombres de equipaje. Su objetivo era doble: la defensa del Reino de Granada y la invasión de las tierras norteafricanas. Pero la
ocupación de Mazalquivir no pudo ser conquistada aquel año y aplazándose para el siguiente, dentro de un nuevo proyecto.
Aunque todavía no se iniciase la invasión de las costas norteafricanas, se reactivó la defensa de la costa granadina, organizándose una flota de galeotas al mando de García López de Arriarán y Juan de Lazcano. Patrullaba el litoral entre Vera y Guadiaro y cada capitán contaba con dos embarcaciones, una de 18 remos y otra de 14, que embarcaban 80 y 60 hombres respectivamente.
Años más tarde, en 1508, a petición de Fernando el Católico, Pedro Navarro persiguió con una escuadra a los piratas berberiscos que habían asolado las costas andaluzas. La expedición partió de Málaga, y Pedro Navarro se aplicó con eficacia, limpiando de piratas tanto las costas españolas como las del norte de África occidental.
El 23 de junio del mismo año, efectuó la conquista del peñón de Vélez de la Gomera, situado a poco menos de cien metros de la villa costera del mismo nombre. Ambos lugares eran un importante núcleo de corsarios. Navarro puso todos los barcos a tiro de cañón del islote, y aquellos huyeron a refugiarse en Vélez. Una vez tomado el peñón, mandó subir la artillería, y con ella destruyó la villa y su puerto. Siendo el peñón un punto estratégico, ordenó su fortificación, dejando en él una guarnición de 32 hombres bajo el mando del alcaide Juan de Villalobos. Posteriormente, auxilió desde el mar a la guarnición portuguesa de Arcila, que estaba siendo atacada por numerosas tropas del rey Fez, y consiguió que éstas levantaran el sitio y se retiraran tras cañonearlas desde los barcos.
En 1509, se organizó en el puerto de Cartagena una flota con el objetivo de continuar las incursiones militares en el norte de África. Al mando se encontraba igualmente el cardenal Cisneros como capitán general de la campaña, siendo nombrado Pedro Navarro como maestre de campo encargado de dirigir las operaciones sobre el terreno. La expedición naval fue financiada por las rentas del cargo de arzobispo de Toledo que tenía Cisneros.
Las fuerzas estaban formadas por 90 naves (80 de transporte y 10 galeras) y 22.000 soldados. De ellas, unas 20 naves de diversas clases (naos, carabelas y goletas) pertenecían al
Señorío de Vizcaya, construidas en sus astilleros y dotadas de su con sus correspondientes marineros vizcaínos.
Pronto surgieron fricciones entre el cardenal y el conde. La primera de ellas, a causa del botín obtenido de la captura, antes de partir, de varias fustas moriscas, que Navarro repartió enteramente entre los participantes en los asaltos, en vez de destinar la mitad a financiar la expedición, como estaba convenido.
La flota zarpó el 16 de mayo de 1509 y arribó al día siguiente a Mazalquivir, bajo control español desde 1505. Esta fue la cabeza de puente desde la que partió la expedición el día 18 para la
conquista de Orán, cercana e importante ciudad costera de 10.000 habitantes y bien fortificada y artillada.
Finalmente, Navarro planificó un ataque por mar y tierra que culminó a la postre en una fácil victoria. Mientras la armada bombardeaba las murallas, la fuerza terrestre, que Navarro dividió en cuatro cuerpos, se enfrentó con el enemigo a las afueras de la ciudad. La artillería y caballería españolas obligaron a los defensores a replegarse hasta que tuvieron que resguardarse dentro de Orán. Una vez consolidadas las posiciones del sitio, se inició el asalto con escalas, bajo cobertura artillera y con ayuda de minas. Cuando parecía que la batalla se estaba decidiendo en lo alto de las murallas, entraron los atacantes por las puertas de la ciudad. La lucha continuó, por poco tiempo, en las calles y en el puerto.
El resultado final fue, tras apenas dos o tres horas de combate, de entre 4.000 y 5.000 bajas enemigas por sólo 300 propias, y un gran saqueo posterior de la ciudad y los barcos capturados en el puerto por parte de marinos y soldados, que se hicieron con un botín de 500.000 escudos en monedas, mercancías, esclavos y rehenes. Navarro tomó posesión de Orán en nombre del reino de Castilla, por lo que la plaza pasaba a manos de la Corona, privando a partir de entonces del mando a Cisneros, quien tuvo de regresar a España.
Pedro Navarro continuó la campaña de conquista de plazas de la costa norteafricana. Junto a él, tomó parte el alavés Juan de Urbina, en la que conquista de Bujía y Trípoli.
A principios del año 1510 llegó a las cercanías de Bugía con 5.000 soldados para iniciar un ataque contra un reyezuelo llamado Abderhamán que contaba con unos 10.000 efectivos. Fueron los defensores quienes inician las hostilidades mientras los españoles desembarcan, al tiempo que los cañoneaban desde la ciudad. Sin embargo, estos repelieron el ataque gracias a la ayuda de la artillería naval que les protegía, y comenzaron luego el asedio bombardeando desde tierra y mar. Al penetrar finalmente en la ciudad, la mayor parte del combate tuvo lugar en las calles de la ciudad, que se rindió al mediodía tras la huida de Abderhamán y su séquito y la muerte de muchos de sus habitantes.
Tras la
toma de Bugía, Navarro supo sacar provecho de las disputas entre Abderrahamán, en realidad un usurpador, y su sobrino, el joven rey Muley Abdalla. Este le guió hasta la cercana sierra en la que se habían refugiado su tío y los fugitivos que se habían reunido con él. El roncalés les atacó por la noche con 500 españoles. Abderhamán volvió a escapar, pero murieron 300 de sus hombres, otros 600 fueron apresados junto a su primera esposa, su hija y altos cargos de la ciudad, y su campamento, con sus muy valiosas pertenencias, fue saqueado y después incendiado por los españoles.
Los contundentes éxitos militares logrados hasta entonces por Navarro intimidaron a los reyes de las ciudades-estado de las actuales Argel y Túnez, que ofrecieron vasallaje al de España y liberaron a todos los cristianos que tenían cautivos.
Después de consolidar el dominio en la región, Pedro Navarro reorganizó la flota en julio del mismo año de 1510 en la isleta siciliana de Favignana y se embarcó con más de 14.000 hombres a la
conquista de Trípoli, donde se enfrentaría a un similar número de defensores protegidos por fuertes murallas y baluartes.
Tras el desembarco, entraron en acción las artillerías de ambos bandos y se asaltaron con éxito las murallas. A continuación, empezó una extenuante lucha casa por casa que se prolongó hasta bien entrada la noche, y que se saldó con unos 200 o 300 muertos españoles y 5.000 berberiscos, más otros tantos de estos últimos capturados como esclavos. Una vez más los vencedores se hicieron con un cuantioso botín, incluido el obtenido de la captura de los barcos del puerto, entre ellos cinco naves de auxilio enviadas por el sultán turco y barcos mercantes turcos, albaneses y venecianos o genoveses que arribaron a Trípoli.
Argel, Túnez y Tremecen se sometieron a la autoridad de la Monarquía hispánica.
Otros vascos participantes en la conquista de las plazas africanas:
Joanes de Isasti, nacido en Rentería, fue capitán de barco en la toma de Trípoli y Bujía en 1510. La reina Juana de Castilla le otorgó escudo de armas.
Hernando Leizaola y Laso concurrió a la conquista de Orán en 1509 con nao propia y prestó otros servicios marítimos durante el reinado de Carlos V.
