La lengua y algunas peculiaridades genéticas han provocado dudas sobre el origen de los vascos. Se ha dicho de ellos desde que proceden de los Urales hasta que son los últimos iberos, descendientes de los atlantes o descendientes de Túbal, hijo de Noé y de la Torre de Babel. Y se les ha retratado siempre independientes y resistentes a los invasores.
Según escribió Louis Charpentier en El misterio vasco (1975): "El pueblo vasco ha conseguido, a lo largo de los siglos, conservar y desarrollar su cultura de origen cromañoide." Para este autor, eso fue posible porque nadie consiguió someterles; los celtas no cruzaron sus tierras porque eran "territorio sagrado para los descendientes de la raza cromagñón" y, luego, los romanos "aceptaron la instalación de factorías y establecimientos romanos, que en nada perjudicaron su soberanía".
La presencia prehistórica de los vascos en el territorio que ahora ocupan y su resistencia a todos los invasores es, sin embargo, imposible de sostener desde un punto de vista histórico. No hay pruebas de la presencia del euskera en la región hasta el siglo III d.C., cuando se supone que inmigrantes de Aquitania o el Pirineo traen la lengua vasca a lo que hoy es Euskadi. Antes que ellos, vivieron allí los indoeuropeos, a quienes deben sus nombres, por ejemplo, los ríos Nervión y Deva.
Alrededor del cambio de era, Roma conquistó la cornisa cantábrica para garantizar el suministro por mar de las tropas destinadas al norte del continente y crear rutas comerciales. Los indígenas que vivían en lo que hoy es el País Vasco ofrecieron resistencia, aunque menor que sus vecinos astures y cántabros. El Imperio ocupó la costa y fundó los puertos de Irún, San Sebastián, Zarautz, Lekeitio, Bermeo y Bilbao, entre otras localidades.